万历二十五年(1597)春正月二十六日，朝鲜使者请求救援。二月初五，再次商议讨伐倭寇。十五日，原都督同知麻贵担任防倭总兵官，统率南北各路兵马。三月十五日，山东右参政杨镐担任佥都御史，经略朝鲜军务。三十日，兵部侍郎邢..担任尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略防倭事宜。
夏六月十九日，皇极、中极、建极三殿发生火灾。二十四日，终止编修国史。
秋七月初四，诫谕群臣。初八，诏令大赦天下。当月，杨应龙反叛，攻占合江、綦江。八月十九日，倭寇攻破朝鲜闲山，于是逼近南原，副总兵杨元弃城逃走，倭兵逼近王京。二十六日，京师地震。九月初四，逮捕原兵部尚书石星，将其投进监狱，判为死罪。
冬十月十七日，安南黎惟潭篡位自立，并前来请罪，诏令授予其安南都统使。
万历二十六年(1598)春正月，官军攻击蔚山倭寇，未克，杨镐、麻贵逃奔王京。三月十八日，赐赵秉忠等人以进士及第以及其他不同的出身。二十七日，群臣前往文华门疏请皇长子成年完婚，未得允许。
夏四月十三日，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。十八日，京师大旱，朱翊钧令群臣修身反省。六月初四，杨镐被免职。初五，中官李敬在广东开采珍珠。十三日，张位被免职。二十三日，巡抚天津的佥都御史万世德经略朝鲜。
秋七月初三，中官鲁保专卖两淮的余盐。八月二十四日，京师地震。九月初十，免除浙江遭灾地区的田租。
冬十月初三，总兵官刘纟廷、麻贵分兵攻击倭寇，将其击败。董一元攻击新寨倭寇，战败。十一月十七日，倭兵放弃蔚山逃遁，官军分兵追击。十二月，总兵官陈瞞在乙山打败倭寇，于是朝鲜被平定。这一年，有乌斯藏前来朝贡。
万历二十七年(1599)春二月初二，分别派中官统领浙江、福建、广东市舶司。当月，贵州巡抚江东之派兵讨伐杨应龙。战败。三月二十日，原兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨伐杨应龙。
夏四月二十五日，朱翊钧驾临午门，接受倭寇俘虏。当月，临清百姓叛乱，焚烧税使马堂官署，杀其随从三十四人。闰月初八，诏示天下倭寇被平定，免除加派的东征赋税。十二日，因久旱不雨而令群臣修身反省。十九日，因各位皇子结婚而令从太仓取银二千四百万两。户部匮乏，令从严核实各地积蓄储备。六月二十三日，杨应龙攻陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。
秋八月十八日，陕西狄道县发生山崩。九月，土蛮进犯锦州。
冬十月初六，赈济京城饥民。初十，由于播州用兵，加派四川、湖广地区的田赋。十二日，贵州宣慰使安疆臣犯罪，诏令他讨伐贼寇以赎罪。十一月初四，免除河南受灾地区的田租。二十八日，赈济畿辅及凤阳等地饥荒。十二月初二，武昌、汉阳百姓叛乱，打伤税使陈奉。十三日，赈济京师流民。这一年，琉球前来朝贡。
万历二十八年(1600)春二月初四，京师地震。十二日，李化龙率师分八路进军讨伐播州。
夏六月初六，攻克海龙囤，杨应龙自缢而死，播州平定。
秋七月初十，天大旱，朱翊钧又令群臣修身反省。八月初一，建成慈庆宫。初六，撤除朝鲜守兵。九月十四日，中止行刑。同年秋天，炒花进犯辽东，副总兵解生等人战败死去。
冬十月初一，贵州皮林苗叛乱，总兵官陈瞞率兵讨伐。初六，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月二十六日，朱翊钧驾临午门，察看播州战俘。
这一年，两畿各省灾伤频繁，民饥盗起，内外群臣上奏请求将矿税监官免职，朱翊钧全不采纳。大西洋人利玛窦进献地方特产。
万历二十九年(1601)春正月十三日，诏告天下：由于平定了播州，免除四川、贵州、湖广、云南加派的田租赋税，同时免除官民牵连之罪。当月，皮林苗贼被平定。二月初五，赈济大同、宣府饥荒。三月十七日，赐封张以诚等人以进士及第和其他不同的出身。当月，武昌发生民变，杀掉税监陈奉随从六人，焚毁巡抚公署。
夏四月十八日，召回陈奉，派守备承天的中官杜茂替代。五月，苏州民变，杀掉织造中官孙隆随从数人。六月，京师已一年未降雨，直到当月初九才开始下雨。山东、山西、河南普遍大旱。二十二日，法官奏请热审，朱翊钧未予答复。这年夏天，赈济畿内饥荒。
秋九月初八，黄河在开封、归德决堤。十三日，赵志皋死去。十九日，赈济贵州饥荒。二十四日，原礼部尚书沈鲤、朱赓同时兼任东阁大学士，参与机要事务。
冬十月十五日，册立皇长子朱常洛为皇太子，册封其他各位皇子常洵为福王、常浩为瑞王、常润为惠王、常瀛为桂王。并下诏大赦天下。二十八日，加上慈圣皇太后尊号。十二月初八，诏令恢复朵颜马市。
万历三十年(1602)春正月二十六日，以四方灾害频繁为由令群臣修身反省。二月十六日，朱翊钧身体不适，召大学士沈一贯至启祥宫，诏谕免除矿税，停止织造，释放囚犯，恢复进谏的各位大臣职务。次日，病愈，搁置前诏。二十一日，重建乾清、坤宁二宫。闰月初三，恢复河套各部贡市。十五日，河州黄河干涸。三月二十二日，腾越民变，杀掉税监所委派的官员。
夏四月初十，赈济顺天、永平饥荒。五月十四日，法官奏请热审，未允许。
秋七月二十二日，边饷匮乏，命从严从快催交拖欠赋税。当月，缅贼攻陷蛮莫宣抚司，宣抚司思正跑回腾越，贼兵追至，官吏杀掉思正进献贼兵，才得解围。
冬十月初十，赈济江北灾害。二十八日，中止行刑。这一年有琉球、哈密前来朝贡。
万历三十一年(1603)春三月初二，吏部奏告天下郡守阙员，没作答复。当月，播州余贼吴洪等人作乱，有关官吏讨伐并予以平定。
夏四月初一，日食。五月初一，阁臣奏请热审，未予回复。二十三日，京师地震。凤阳天降大雨和冰雹，砸毁皇陵殿脊梁。当年夏天，黄河在苏家庄决堤，淹没江北丰、沛、鱼台、单县。
秋九月十一日，江北发生盗贼。
冬十月初二，中止行刑。十四日，睢州贼杨思敬作乱，被有司讨伐擒获。十一月十二日，得到一本妖书，传说皇帝要改立太子，诏令到处严加搜索。十二月初五，朱翊钧召见皇太子于启祥宫，赐给皇太子手令给予安慰。
万历三十二年(1604)春二月二十一日，阁臣奏请补充司、道、郡、守及派遣巡视各地的御史，未予答复。三月十四日，建成乾清宫。十五日，赐封杨守勤等人以进士及第和其他不同的出身。
夏四月初一，日食。当月，完成疏通氵加河的工程。五月二十三日，雷火焚烧了长陵明楼。六月初七，以长陵发生灾害为由，命补阙官抚恤带刑在狱囚犯。二十日，昌平发生水灾，毁坏长、泰、康、昭四陵石梁。
秋七月初一，京师大雨，毁坏一些城墙。十二日，赈济遭受水灾之居民。八月二十三日，群臣跪伏文华门，上疏请求提倡修举实政，降旨督促。二十八日，完成黄河分水工程。九月初一，赈济畿南六府饥荒。闰月二十四日，武昌宗人蕴轸等人作乱，杀掉巡抚都御史赵可怀。
冬十月初八，开始对平定播州的官兵论功。这一年有琉球、乌斯藏前来朝贡。
万历三十三年(1605)春正月，重新修复京师外城。初五，银定、歹成进犯镇番，总兵官达云将其击败。
夏四月初七，蕴轸等被杀。五月二十四日，凤阳遭受大风大雨，毁坏陵殿神座。二十八日，雷击圜丘望灯高杆。六月初二，以雷击为由令群臣修身反省。
秋八月二十八日，中止行刑。九月二十四日，昭和殿发生火灾。二十六日，京师地震。
冬十一月十一日，免除淮阳遭灾地区的田租。十二月初二，诏令天下各地停止开矿。又将税务事宜交还有司，将每年收入的一半交至内府，另一半交至户、工二部。初六，免去河南遭灾地区的田租。十五日，以皇长孙出生为由而诏令大赦天下。开宗室科举入仕之先例。停止开采广东珠池和云南宝井。
万历三十四年(1606)春二月十一日，加上皇太后徽号。十二日，大学士沈鲤、朱赓奏请皇帝补齐六部主要官员，未得到答复。三月十一日，云南百姓杀死税监杨荣，焚烧其尸体。三十日，真定、顺德、广平、大名等地遭灾，朝廷分别给予减免赋税和赈济。
夏四月二十五日，完成朱旺口黄河疏通工程。五月初六，河套部进犯延绥，官军将其击溃。六月初六，缅甸攻陷木邦。同月，畿内蝗灾大起。
秋七月十六日，沈一贯、沈鲤辞官。九月二十九日，朱翊钧要陕西边防严加防患。
冬十月初一，中止行刑。十一月初四，朵颜来犯，总兵官姜显谟领兵将敌击退。十二月十八日，南京妖贼刘天绪谋反，事情败露伏诛。这一年，有安南、琉球前来朝贡。蒙古喀尔喀各部归顺大清。
万历三十五年(1607)春正月初七，给事中翁宪祥进言：抚、按官员解任后应该随时候命，不应听其自流。未得到批复。二月初五，安南贼人武德成进犯云南，总兵官沐睿又将敌击退。三月十八日，赐封黄士俊等人为进士及第以及其他不同的出身。
夏四月初六，银定、歹成进犯凉州，副总兵柴国柱将其击退。二十日，顺义王扌奢力克死去。五月二十七日，原礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高一同担任礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州发生水灾。闰月二十日，恢复河套各部的贡市。
秋七月初十，京师连年阴雨。刑部奏请皇帝批发关于热审的奏章，未予答复。八月初六，赈济畿内饥荒。九月初四，中止行刑。
冬十月十四日，山东大旱，饥荒严重，朝廷分别给予赈济。十一月二十五日，于慎行死去。十二月，金沙江蛮阿克反叛，攻陷武定，围攻云南，攻占嵩明、禄丰。安南贼兵进犯钦州。这一年，琉球前来朝贡。
万历三十六年(1608)春正月，河南、江北发生饥荒。二月十一日，京师地震。
夏六月二十五日，南畿发生大水。
秋七月十三日，京师地震。郴州矿贼大起。八月初九，惩治云南失事有罪之臣，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿又被逮捕入狱，论为死罪。二十七日，赈南畿和嘉兴、湖州饥荒。九月初十，四川巡抚都御史乔璧星在东川擒获阿克，贼寇被平定。
冬十一月三十日，朱赓死去。十二月初五，再次赈济南畿，免除其税粮。这一年，有琉球前来朝贡。
万历三十七年(1609)春三月初十，拱兔攻陷大胜堡，游击于守志在小凌河被战败。二十九日，大学士叶向高奏请皇帝公布群臣互相攻击的奏文，以论断是非、整肃人心，未予答复。
夏四月，倭贼侵犯温州。
秋九月二十五日，左都御史詹沂封印私自离去。二十九日，中止行刑。当年秋季，福建、浙江、江西发生大水灾。湖广、四川、河南、陕西、山西大旱，畿内、山东、徐州大闹蝗灾。
冬十二月二十二日，朝廷将畿内、山东诸省所收税收的三分之一用作赈济饥民费用。这一年，日本侵入琉球，抓住其国王尚宁。哈密入朝进贡。
万历三十八年(1610)春三月十七日，赐封韩敬等人为进士及第以及其他不同的出身。
夏四月初二，正阳门楼遭火灾。十六日，以旱灾异常为由，要群臣完成自己份内职责，不准互相攻击。二十六日，赈济畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥民。五月，河南贼人陈自管等人作乱，被官吏擒获。
冬十月辛丑日，中止行刑。十一月初一，有日食。二十七日，以缺乏军饷为由，要廷臣陈述充仓足库之策，而且不得从宫内拨出金帛。这一年，乌斯藏入朝进贡。
万历三十九年(1611)春二月庚子日，河套部敌军进犯甘州的红崖、青湖，被官军击退。
夏四月，京师大旱。十九日，怡神殿发生火灾。二十七日，设置边镇常平仓。五月初三，御史徐兆魁上奏皇帝，指责东林讲学诸人暗中支持制定不同的礼典、制度，致使诸臣互相攻击。广西、广东发生大水灾。六月，从徐州到北京普遍发生大水灾。当年夏天，停止热审。
冬十月初一，户部尚书赵世卿上书离去。十八日，中止行刑。内阁大臣请求释放轻罪犯人，未予答复。这一年，暹罗前来朝贡。
万历四十年(1612)春二月十九日，吏部尚书孙丕扬上书自去官职回乡。三月十二日，赈济京师流民。
夏四月初二，南京各道御史进言：“官衙空缺，各方面事务废堕，皇上深居宫中二十余年，未接见过大臣，天下将有失去的危险。”仍然未予答复。五月初一，日食。
秋八月，黄河在徐州决口。九月十九日，李廷机自动离职。
冬十月二十四日，中止行刑。这一年，琉球中山王尚宁派人奏请归附。
万历四十一年(1613)春正月初二，诏谕朝鲜练兵以防止倭寇。三月十五日，赐封周延儒等人为进士及第以及其他不同出身。
夏五月十二日，朱翊钧诏谕吏部都察院“：几年来议论纷纷，混淆视听，朝廷宽容不予追查，致使攻击诬陷愈来愈甚，朝廷大臣犹疑畏惧，都想辞官回乡，严重损害了国体。自今以后，仍有结党乱政者，定罪绝不饶恕。”六月初八，卜失兔世袭顺义王封号。
秋七月初八，兵部尚书掌管都察院事务的孙玮辞职回乡。九月十七日，吏部左侍郎方从哲、原吏部左侍郎吴道南和礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。二十五日，吏部尚书赵焕自动离职。当年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东发生水灾。乌斯藏前来朝贡。
万历四十二年(1614)春正月十二日，总兵官刘纟廷率兵讨伐建昌叛蛮，将其平定。二月初九，慈圣皇太后驾崩。二十七日，赈济畿内饥荒。三月二十四日，福王来到都城。
夏四月初四，以皇太后遗命为由大赦天下。六月十三日，安葬孝定皇后。
秋八月十四日，礼部右侍郎孙慎行上疏自动去职。二十三日，叶向高辞官。这一年有安南、土鲁番前来朝贡。
万历四十三年(1615)春正月十八日，完成了徐州黄河决口的筑堤工程。三月初一，有日食。
夏五月初四，蓟州一男子张差手持木棒闯入慈庆宫，打伤守门的侍卫，被抓进监狱。十二日，刑部提牢主事王之肕弄清其情况，这就是后来所说的木廷击案。二十五日，对皇城门禁严加戒备。二十九日，在慈庆宫召见廷臣。御史刘光复被抓进监狱。三十日，张差伏诛。六月初三，由于久旱不雨，朱翊钧命群臣修身反省。
秋七月初四，赈济畿内饥荒。二十九日，中止行刑。闰八月初六，重建三殿。十三日，山东大旱，朱翊钧下诏将税银留下进行赈济。二十三日，河套诸部进犯延绥，官军战败，副将孙弘谟被抓获。
冬十月十八日，京师地震。十一月初六，赈济京师饥民。
万历四十四年(1616)春三月初一，有日食。十五日，赐封钱士升等人进士及第以及其他不同出身。当年春天，畿内、山东、河南、淮、徐发生大饥荒，朝廷分别给以赈济和减免田赋。
夏四月十九日，河南出现盗贼，朝廷命官吏进行安抚和围剿。六月初三，河套各部落进犯延绥，总兵官杜文焕将其击退。二十九日，黄河在祥符朱家口决堤，淹没陈、杞、睢、柘各州县。
秋七月二十八日，河套部落首领吉能率兵进犯高家堡，参将王国兴战败。当月，陕西大旱，江西、广东发生水灾，河南、淮、扬、常、镇大闹蝗灾，山东盗贼大起。
冬十月初十，中止行刑。十一月初二，隆德殿发生火灾。
万历四十五年(1617)春二月二十三日，由于前一年冬季无雪，入春以后又没有下雨，朱翊钧要群臣修身反省。三月初六，镇抚司缺乏官吏，狱中很多囚犯因关押太久而死亡，大学士方从哲据此上奏，未得到答复。初十，赈济江西饥荒。
夏五月十三日，久旱不雨，朱翊钧又命群臣修身反省。六月初三，畿南大闹饥荒，当地官吏请求赈济，未得到及时答复。当月，阁臣法官奏请热审，未得答复。
秋七月初一，日食。初五，吴道南因丁服父母丧事离职。这一年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东遭灾。暹罗、乌斯藏曾来朝进贡。
万历四十六年(1618)春二月十五日，赈济广东饥荒。
夏四月十五日，大清军队攻克抚顺，千总王命印战死。二十日，总兵官张承胤领兵救援抚顺，也全军覆没。闰月初二，杨镐担任兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月二十六日，京师地震。这年夏天，官吏奏请热审，未得到答复。
秋七月二十日，大清军队攻占清河堡，守将邹储贤、张旆战死。八月十六日，朝廷将军饷海运到辽东。二十四日，乃蛮等七部落请求与朝廷相通。二十五日中止行刑。九月初七，守辽军队缺乏粮饷，有关官员奏请拨用各省税银，未得到及时答复。二十六日，加派天下田赋。三十日，京师发生地震。
冬十一月初九，因灾异频繁而令群臣修身反省。十二月初二，河套部落首领猛克什力前来投降。这一年有土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。
万历四十七年(1619)春二月十一日，经略杨镐在辽阳誓师，总兵官李如柏、杜松、刘纟廷、马林分道出塞。三月初一，杜松在吉林崖遭遇大清军队，战死。初二，马林在飞芬山战败，兵备佥事潘宗颜战死。初七，刘纟廷率军深入阿布达里冈，战死。十八日，赐庄际昌等人为进士及第以及其他不同出身。
夏四月二十日，盔甲厂发生火灾。六月十六日，大清军队攻克开原，马林全军覆没。二十二日，大理寺丞熊廷弼担任兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。二十三日，朝廷大臣聚于文华门，奏请皇帝批复奏章以及增派援军和分发粮饷，未得到答复。
秋八月初五，山东蝗灾。十三日，逮捕杨镐。九月初一，中止行刑。初九，百官跪伏于宫殿阶下，奏请朱翊钧上朝处理政事，未得到答复。
冬十月初八，赈济京师饥民。十二月，又加派全国田租赋税。二十二日，镇江、宽奠、云爰阳新募援兵被击溃。这一年有暹罗前来朝贡。
万历四十八年(1620)春正月二十一日，朝鲜请求救援。三月十二日，再次加派全国田租赋税。
夏四月初六，皇后王氏死去。十一日，朱翊钧病发，在弘德殿召见方从哲。
秋七月十七日，朱翊钧病情加重，在弘德殿召见英国公张惟贤，大学士方从哲，尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵，侍郎孙如游，勉励各位大臣勤政敬职。二十一日，死去，时年五十八岁。遗诏停止一切榷税和新增织造等。九月初十，追加尊敬谥号，庙号神宗，安葬于定陵。
神宗范天合道哲肃敦简光文章武安仁止孝显皇帝，叫朱翊钧，穆宗第三子。其母为李贵妃。
隆庆二年(1568)，被立为皇太子，当时年方六岁。翊钧少年聪慧，穆宗曾驰马宫中，他进谏道：“陛下为天下之主，独骑而骋，宁无衔橛忧。”穆宗大喜，下马大加抚慰。陈皇后病居别宫，翊钧每晨随母前往探问，皇后每听到脚步声就高兴起来，并挣扎着坐起，取出经书考问他，翊钧总是高声回答，其母李贵妃也十分高兴，两宫因此而越来越和睦。
隆庆六年(1572)五月，穆宗驾崩。六月初一，日食。初十，朱翊钧继承皇帝之位。定第二年为万历元年，颁诏大赦天下。在乡间祭祀建文朝尽节诸臣，有子孙后代的加以恤录。十六日，罢免高拱。二十三日，高仪死去。二十八日，礼部尚书吕调阳兼任文渊阁大学士，参预机要事务。
秋七月初四，漕运初通至密云。初七，考察京师官员。十五日，告诫朝廷诸臣“：近年来，士习惯于浇薄，为官之礼法被削弱，诬蔑老成为无用，骄狂者便佞为有才。于是使朝廷赋予的权力，仅仅成为人臣报复的资本。虽需要加以惩戒，但我都予以宽恕。诸臣应力改前过，共维新政。若仍沉溺于故习，背公徇私，获罪于祖宗，朕不敢赦免。”十七日，尊称陈皇后为仁圣皇太后，李贵妃为慈圣皇太后。八月初五，祭祀大社大稷。九月十一日，将庄皇帝安葬于昭陵。
冬十月初六，侍郎王遴、吴百朋、汪道昆分别巡视边防。初八，中止行刑。十一月十三日，河工完成。十二月初九，赈济榆林、延绥饥荒。二十二日，以穆宗驾崩不久为由，下诏免设元夕灯火及宫中宴席。
万历元年(1573)春二月初二日，听取经筵讲解。三月十六日，诏令内外官员举荐将材。
夏四月十六日，潮、惠贼寇被平定。二十一日，天大旱，谕百官修身反省。五月初五，诏令内外官员慎重进行刑狱之事。六月二十四日，赈济淮安水灾。
秋七月，黄河在徐州决口。九月初六，赈济荆州、承天及济南灾害。初九，四川都掌蛮被平定。二十六日，中止行刑。
冬十一月初四，朱翊钧诏令诸司订立章程限制文书上报时间，以防延迟缓慢。十二月十三日，赈济辽东饥荒。
万历二年(1574)春正月十八日，朱翊钧在皇极门召见朝觐廉能之官。二月初九，赈济四川被贼寇侵扰诸县。三月十八日，赐予孙继皋等人进士及第以及其他不同的出身。
夏四月二十二日，朱翊钧诏谕百官行久任之法。五月二十八日，穆宗牌位附于太庙。八月二十八日，赈济山西灾害。二十九日，赈济淮、扬、徐水灾。
冬十月十三日，审理囚犯。二十六日，上朝办公审阅选官制度。闰十二月二十日，下诏免去第二年元夕灯火。当年，琉球前来朝贡。
万历三年(1575)春正月初七，祭献太庙。二月初九，祭祀大社大稷。十二日，诏令南京职务应精简为宜，官吏不得虚占其位以充数。二十七日，开始命日讲官分别记注起居，纂辑章奏，临朝值班。
夏四月初一，日食，为日全食。初四，翊钧书写谨天戒、任贤能、亲贤臣、远嬖佞、明赏罚、谨出入、慎起居、节饮食、收放心、存敬畏、纳忠言、节财用十二事置于座右侧，以期自警。五月初三，淮、扬发生大水灾，于是他诏令审察二府官吏，罢免了有贪污等老毛病的官员。六月初一，浙江海潮泛滥。十一日，命抚、按官员，官吏是否贤能一并举荐和弹劾，不得偏重甲科进士。当年夏天，苏、松、常、镇普发大水。
秋八月十一日，礼部侍郎张四维被升为礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。十二日，黄河在高邮、砀山决口。二十三日，朝廷免除淮、扬、凤、徐等发生水灾之地的田租。九月二十三日，京师发生地震。
冬十月初三，京师再次地震，命群臣修身反省。初四，中止行刑。十一月十一日，朱翊钧在京城南郊祭天。十二月初七，朱翊钧又诏谕免去第二年元夕灯火。这一年，有安南、琉球、暹罗、土鲁番前来朝贡。
万历四年(1576)春正月二十三日，辽东巡按御史刘台因谈论张居正被逮捕入狱，削除官籍。
夏五月十六日，祭祀地于北郊。六月十九日，又遣内臣监督苏、杭织造。
秋七月初六，朱翊钧诏谕吏、户二部清理吏治，并分别免除所欠赋税，折十分之三成收取明年漕运粮。十一日，又派遣御史督修江、浙水利。十三日，兴修泗州祖陵。二十日，完成草湾黄河工程。八月初二，祭奠先师孔子。当年秋天，黄河在崔镇决口。
冬十月十四日，赈济徐州及丰、沛、睢宁、金乡、鱼台、单、曹七县水灾，免除不同数量的田租。这一年，有安南、琉球、乌斯藏、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密前来朝贡。
万历五年(1577)春正月二十一日，朱翊钧诏令凤阳、淮安大力号召垦田。二月初七，赈济广西饥荒。三月十八日，赐予沈懋学等为进士及第以及其他不同的出身。
夏五月初六，广东罗旁瑶被平定。
秋八月初八，黄河又在崔镇决口。闰八月初一，日食，因阴云而未见。九月初二，重新起用张居正。
冬十月二十二日，因谈论张居正因父丧事而穿素服办公、不参加吉礼一事，编修吴中行、检讨赵三贤、员外郎艾穆、主事沈思孝等皆受杖刑，并分别被罢免和废黜，甚至遭到贬谪和戍边。二十四日，进士邹元标被杖击，进而将其戍边。十一月初一，朝廷以星位变化考察百官。当年，有琉球前来朝贡。
万历六年(1578)春正月，朝廷征集民工修筑黄河缺口堤岸。二月十七日，免除兖、青、登、莱所辖地区的拖欠赋税。十九日，册立王氏为皇后。三月初三，礼部尚书马自强兼任文渊阁大学士，吏部侍郎申时行兼任东阁大学士，参与机要事务。十三日，张居正因安葬父亲而还乡。
夏四月十四日，免除湖广、四川所欠的赋税。二十五日，朱翊钧诏谕户部每年增收金花银二十万两。六月十五日，张居正回京师。
秋七月初六，吕调阳辞官。二十七日，朝廷诏谕江北各府百姓，十五岁以上而无田者，官府供给其一头牛和五十亩田，开垦三年后开始征收赋税。九月二十二日，又诏谕苏州诸府开垦荒田，六年之后起科。二十三日，中止行刑。
冬十月十四日，马自强死去。十一月十四日，祭祀天于南郊。这一年，有乌斯藏前来朝贡。
万历七年(1579)春正月二十二日，朱翊钧下诏捣毁天下书院。二月十四日，派人分头巡视边防。三月十九日，朝廷免除淮、扬拖欠赋税。
夏五月十九日，祭祀地于北郊。六月十七日，核查两畿、山东、陕西等地勋官、皇戚的田赋。
秋七月初八，赈济苏、松水灾，免除其税粮。十四日，京师发生地震。这一年，有乌斯藏前来朝贡。
万历八年(1580)春二月初一，有日食。十八日，耕种謖田。二十八日，完成黄河决口工程。三月十二日，侍奉两宫皇太后到天寿山谒陵，免除所过地方的田租。十五日，回宫。二十八日，赐予张懋修等人为进士及第以及其他不同的出身。
夏闰四月二十二日，官军平定广西八寨贼寇。
冬十月初五，淘汰宫内宫外冗官。初九，赈济苏、松、常、镇饥荒。十一月初十，下诏丈量百姓田地。这年，有琉球前来朝贡。
万历九年(1581)春正月初五，诏令边臣备警。初六，裁减诸司冗员。初八，土蛮进犯锦州，游击周之望败死。十四日，朱翊钧诏命翰林官每天四人入阁供职。十六日，裁减南京冗官。十九日，辽东总兵官李成梁在袄郎兔击败土蛮。三月初三，隆重检阅军队。当月，土蛮进犯辽阳，副总兵曹..领兵抵抗，战败。
夏四月初四，赈济山西发生灾害的州县。二十二日，赈济苏、松、淮、凤、徐、宿灾害。户部呈上《万历会计录》。
秋八月十六日，扬州发大水。九月二十六日，中止行刑。
冬十月初八，土蛮进犯广宁、义州，李成梁将其击退。十一月二十六日，赈济真定、顺德、广平灾害，免除税粮。当年，裁减各省冗官，核查徭役赋税，淘汰诸司冒滥冗费。有琉球、安南、土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。
万历十年(1582)春二月初四，顺义王俺答死去。初八，免去天下历年拖欠的赋税。三月初二，杭州发生兵变，巡抚吴善言被抓。初九，兵部侍郎张佳胤巡抚浙江讨伐叛军，继而予以平定。十八日，泰宁卫部长速把亥进犯义州，李成梁将其击败。二十一日，倭寇侵犯温州。
夏四月初一，朱翊钧告谕礼部，要倡导百姓及时耕种农桑，不要游手好闲。初七，宁夏土军马景杀害参将许汝继，巡抚都御史晋应槐领兵对其讨伐并诛杀了他。十三日，由于久旱不雨，命令百官修身反省。五月初三，或多或少地免除了先师孔子和宋儒朱熹、李侗、罗从彦、蔡沈、胡安国、游酢、真德秀、刘子..、已故大学士杨荣等人后裔的赋税徭役。二十三日，赈济京畿饥荒。六月初一，有日食。十六日，赈济太原、平阳、潞安饥荒。十九日，前礼部尚书潘晟兼任武英殿大学士，吏部侍郎余有丁担任礼部尚书兼文渊阁大学士，参与机要事务。不久，潘晟又被罢免。二十日，张居正死去。
秋七月十五日，赈济平、庆、延、临、巩饥荒。九月初一，朱翊钧因得皇长子而颁诏大赦天下。初九，上两宫皇太后徽号。
冬十月十二日，苏、松发大水，朝廷采取了免赋和赈济的措施。十二月八日，太监冯保被贬为奉御，全家削去官籍。十八日，恢复建言诸臣职务。当年，又免除京畿内、山西受灾害之地的税粮。哈密、乌斯藏曾来京朝贡。
万历十一年(1583)春正月初八，命令严加防范边疆。闰二月十一日，俺答之子乞庆哈世袭顺义王封号。缅甸侵犯永昌。十二日，朱翊钧到天寿山进谒九陵，免除路过之地的田租。十七日，又到西山进谒恭让章皇后、景皇帝之陵。十八日回宫。乙酉日，赈济临、巩、平、延、庆五府旱灾，免除其田租。三月初二追削张居正的官级。十八日，赐予朱国祚等人为进士及第和其他不同的出身。
夏四月初六，张四维因父丧离职。初八，吏部侍郎许国担任礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。二十三日，承天普降大雨，长江水势泛滥。同月，广东罗定发生兵变。五月，大清太祖高皇帝起兵征伐尼堪外兰，攻克图伦城。六月十五日，赈济承天、汉阳、郧阳、襄阳灾害。
秋八月初七，免除山西受灾地区的税粮。九月初六日，朱翊钧到天寿山拜谒祖陵，十一日回宫。
冬十月十五日，中止行刑。二十三日，河南发生水灾，分别予以免租和赈济。十一月初一，有日食。十二月二十二日，慈庆宫受灾，诏谕修身反省。当年，有琉球前来朝贡。
万历十二年(1584)春二月二十日，京师地震。二十二日，释放建文诸臣外亲遭贬及戍边者的后裔。三月二十二日，减少江西瓷器的烧造。
夏四月初九，查抄张居正家。十一日，游击将军刘纟廷讨伐平定陇川贼寇。五月十九日，京师地震。六月初六，以云南用兵为由，免去税粮及拖欠赋役。
秋八月十三日，将张居正之罪张榜公布于天下，并将其家属戍边。九月十三日，事奉两宫皇太后到天寿山拜谒皇陵。十六日，建造寿宫。二十一日，返回宫中。
冬十月十五日，中止行刑。二十四日，免除湖广、山东受灾地方的税粮。十一月十六日，余有丁死去。十二月初二，前礼部侍郎王锡爵担任礼部尚书兼文渊阁大学士，吏部侍郎王家屏兼东阁大学士，参与机要事务。二十二日，停止开采银矿。这一年有安南、乌斯藏入朝进贡。
万历十三年(1585)春正月十九日，四川建武所兵变，击伤总兵沈思学。二月初六日，南京发生地震。京师自去年八月以来没有降雨。三十日，举行盛大祈雨祭祀。三月十三日，再次隆重举行祈雨祭祀。十八日，李成梁出塞袭击把兔儿炒花，取得大胜。二十一日，减少杭州织造及尚衣监料银。尚宝司少卿徐贞明督治京畿水田。
夏四月初五，举行盛大祈雨祭祀。初七，由于久旱不雨，朱翊钧诏令各地审理、平反冤案，释放凤阳轻犯以及监禁长时间的罪犯。十七日，又步行至南郊祈祷，对大学士们说：“天大旱，是因为朕不德，也是因为各地有司贪婪，盘剥百姓，致使天怒，今后必须慎选官吏。”免除天下受灾地区一年田租。五月十六日，下雨。六月初二，慈宁宫建成。初三，建武所叛军被平定。同月，四川松、茂番人作乱。
秋八月十一日，京师地震。闰九月初一，赈济淮、凤灾害。初五，朱翊钧到天寿山观看寿宫。初十回宫。二十二日中止行刑。
冬十二月初一，淘汰惜薪司内官冗员。当月，顺义王乞庆哈死去。这一年有土鲁番、乌斯藏前来朝贡。
万历十四年(1586)春二月十八日，严禁外官馈送礼物。三月初三，由于久旱，要廷臣疏陈时政。初八，禁止部曹言事，放弃整治京畿水田。十八日，赐予唐文献等人为进士及第以及其他不同的出身。二十三日，仍然久旱不雨，朱翊钧又命天下修身反省。
夏四月初九，京师地震。六月二十日，松茂番被平定。这年夏天，赈济直隶、河南、陕西及广西浔、柳、平乐，广东琼山等十二县饥荒。山西始闹盗贼。
秋七月初十，赈济江西灾害。十五日，朱翊钧诏令户、兵二部安抚灾民，严格保甲制度。当月，淇县贼人王安聚众打劫，被剿平。九月初一，王家屏因父丧去职。二十四日，中止行刑。二十八日，朝廷下发帑并派官吏赈济河南、山东、直隶、陕西、辽东、淮、凤灾害。
冬十月初五，礼部主事卢洪春上疏奏请谨慎对待弊端，被施杖刑后削去官籍。十一月十三日，在京城南郊祭祀上天。这一年，有土鲁番前来朝贡。
万历十五年(1587)春正月初三，分发国库所藏的金帛以赈济山西、陕西、河南、山东各地宗室。三月二十六日，乞庆哈之子扯力克世袭顺义王之封号。
夏四月，京师大旱，瘟疫流行。六月初十，禁令廷臣奢侈。当月，京师连降大雨，朝廷赈济抚恤贫民百姓。
秋七月，江北发生蝗灾，江南发生水灾，山西、陕西、河南、山东又发生旱灾，黄河也在开封决口，朝廷分别给予减免赋税和赈济。八月初三，朱翊钧以频繁发生灾害为由，命各抚、按官员力惩贪官，清理冤案，减免赋税，赈济抚恤百姓。九月初一，应有日食，但因阴云遮掩而不能看见。初三，中止行刑。
冬十月初五，大学士申时行奏请皇帝批示转发留在宫禁中的各种奏章。十一月初三，郧阳发生士卒喧乱，巡抚都御史李材被撤职。这一年，有哈密、琉球、乌斯藏前来朝贡。
万历十六年(1588)春三月初十，朱翊钧下诏修改《景皇帝实录》，删去成阝戾王之封号，后来没有实行。山西、陕西、河南及南畿、浙江同时发生饥荒和瘟疫。
夏四月，赈济江北、大名、开封各府饥荒。五月，四川建昌番作乱，被讨伐平定。二十三日，朱翊钧以仓储军械被焚和各省灾伤为由，命内外官员修身反省。六月初八，京师发生地震。十二日，因灾害而停止和减少苏、杭织造。
秋七月初四，免除山东受灾之地的夏粮赋税。十九日，制订考察边疆官员政绩的方法。八月十四日，朱翊钧诏令从太仓取银二十万两充作阅陵的犒赏费用。九月初九，中止行刑。初十，朱翊钧到天寿山视察寿宫。十四日，在石景山停留观看浑河。十五日回宫。二十日，甘肃发生兵变，巡抚都御史曹子登被罢免。当月，青海部长他不囊进犯西宁，杀害其副将李魁。冬十一月十二日，禁止空泛、冗长之奏章。这一年有乌斯藏前来朝贡。
万历十七年(1589)春正月初一，有日食。初九，太湖、宿、松一带有刘汝国等贼寇作乱，安庆指挥陈越率兵讨伐，战死。二月十九日，吴松指挥陈懋功讨伐并平定乱贼。三月初九，被罢免和升迁的官员上朝面谢。从此以后皇帝临御逐渐减少。十六日，云南永昌发生兵变。十八日，赐焦..等人以进士及第和其他不同出身。
夏四月二十三日，王家屏重新入阁。始兴妖僧李圆朗作乱，进犯南雄，被有司率兵讨伐并斩死。六月初九，浙江发生风灾，海潮泛滥。十四日，永昌叛军被平定。三十日，南畿、浙江大旱，太湖干涸，拨国库银四十万两予以赈济。
秋八月二十七日，严申匿名揭发禁令。
冬十月初九，中止行刑。二十九日，完成黄河决口筑堤工程。十二月十六日，朱翊钧告诫各位官员遇事不要争强好胜。这一年，安南、乌斯藏曾来进贡。
万历十八年(1590)春正月初一，朱翊钧召见大学士申时行等人于毓德宫，并引皇长子前来相见。
夏四月十三日，赈济湖广饥荒。六月初九，免京畿受灾地区的夏粮赋税。十四日，青海部长火落赤进犯洮州，副总兵李联芳战败死去。十五日，更改宗藩先例，对无封爵者听其自便。
秋七月初一，有日食。二十六日，朱翊钧召见内阁大臣商议边防大事，同时要他们举荐将材。三十日，兵部尚书郑雒经略陕西四镇及山西、宣、大边务。当月，火落赤再次进犯河州、临洮，总兵官刘承嗣战败。八月初四，停止扯力克互市及对其的赏赐。
冬十月初十，赈济临洮遭受战乱的军队和百姓。十二月十六日，朱翊钧派遣朝廷大臣九人视察边防。这一年有安南前来朝贡。
万历十九年(1591)春正月，缅甸攻占永昌、腾越。二月十八日，总兵官尤继先在莽剌川打败火落赤余众。闰三月十二日，朱翊钧以出现彗星为由，命群臣修身反省。十四日，责备给事中、御史擅进讥讽皇帝之言，罚减其官俸一年。
夏四月初一，祭祀太庙。此后，庙中祭祀都遣人代替。五月十八日，四川四哨番作乱，巡抚都御史李尚思讨伐平定叛乱。六月十九日，王锡爵归乡探亲。
秋七月二十日，朱翊钧告诫廷臣：因国事纷纭，使得大臣争相请求辞官还乡，以后有肆行诬蔑的人要从重治罪。八月初五，免除河南受灾地方的田租。九月初十，许国辞官。十二日，申时行辞官。十五日，吏部侍郎赵志皋担任礼部尚书，原礼部侍郎张位担任吏部侍郎，一同兼任东阁大学士，参与机要事务。
冬十月初一，京营军官在长安门哗变。十二月初二，下诏规定戚臣庄田数目。二十一日，河套部敌进犯榆林、延绥，总兵官杜桐将其击败。这一年，京师发生蝗灾，南畿、浙江发生水灾，朝廷分别予以赈济和减免赋税。同年，琉球前来朝贡。
万历二十年(1592)春正月二十六日，给事中孟养浩建议立太子，被施杖刑于阙下，并被削除官籍。三月初八，宁夏已辞官的副总兵口孛拜杀害巡抚都御史党馨、副使石继芳，占据城池反叛。十一日，王家屏辞官。十二日，总督军务的兵部尚书魏学曾领兵讨伐宁夏叛贼。十八日，朱翊钧赐予翁正春等人以进士及第及其他不同的出身。
夏四月十五日，总兵官李如松提督陕西讨贼军务。二十六日，甘肃巡抚都御史叶梦熊率兵会同魏学曾讨贼。扯力克擒住贼首，开关献俘，于是朝廷返还其两年互市赏赐。五月，倭寇进犯朝鲜，攻陷王京，朝鲜王李日公逃往义州求救。六月十九日，各路兵马进军到宁夏，贼寇引诱河套部进犯，被官军击退。
秋七月十六日，免除陕西拖欠赋税。十七日，副总兵祖成训率兵援救朝鲜，在平壤与倭寇交战，战败。二十七日，罢免三边总督魏学曾，以叶梦熊取而代之，不久逮捕魏学曾，打进监狱。八月十八日，兵部右侍郎宋应昌经略防备倭寇之军务。二十二日，朝廷诏谕各地督抚举荐将材。九月十六日，平定宁夏贼寇。
冬十月十六日，李如松提督蓟、辽、保定、山东军务，并担任防海御倭总兵官，援救朝鲜。同月，赈济京畿、浙江、河南受灾各府，并分别对田租予以减免。十一月十二日，朱翊钧驾临午门，接受宁夏战俘。十二月八日，告示天下：宁夏贼寇已被平定。这一年，有暹罗、土鲁番前来朝贡。
万历二十一年(1593)春正月十九日，李如松将平壤倭寇击败。十六日，王锡爵还朝。二十六日，朱翊钧下诏封三个皇子为王，朝廷大臣据理力争，不久作罢。二十七日，李如松进攻王京，在碧蹄馆与倭寇相遇，战败。二月二十九日，犒劳东征将士。
夏四月十九日，倭寇放弃王京而遁。六月十四日，朱翊钧诏令天下各地每年夏季审讯囚犯，对轻犯之类予以减刑和释放，以两京为例。二十日，倭使小西飞真诚请求投降。
秋七月初一，诏谕救援朝鲜的各边镇军队返回。初三，出现彗星，命群臣修身反省。八月初五，朱翊钧以灾异频繁为由，命内外诸臣修举实政。
冬十月十六日，中止行刑。十二月初七，蓟辽总督顾养谦兼理朝鲜事务，召回宋应昌、李如松。当年，赈济江北、湖广、河南、浙江、山东饥荒。河南矿贼大起。乌斯藏前来朝贡。
万历二十二年(1594)春正月二十日，朱翊钧诏示天下：各省灾害频繁，尤以山东、河南、徐、淮为甚，盗贼四起，官吏玩忽职守，朝廷诏令不行，自今以后，要以安民除盗之政绩来决定罢免和升迁抚按官员。二月初四，皇长子朱常洛出阁讲学。十六日，派官员赈济河南，并免除其田租。三月二十五日，诏令修订国史。
夏四月初一，日食。五月十四日，礼部尚书陈于陛、南京礼部尚书沈一贯同时兼任东阁大学士，参与机要事务。二十四日，王锡爵辞官。六月初二，雷雨交加，西华门遭灾，诏令修身反省。
秋七月二十日，河套部长卜失兔进犯延绥。当月，延绥总兵官麻贵在下马关击败河套部敌军。
冬十月十五日，南京兵部右侍郎邢..总督川、贵军务，讨伐播州宣慰使杨应龙。二十三日，诏谕倭使入朝。当月，炒花进犯辽东，总兵官董一元将其击败。这一年，琉球、乌斯藏入朝进贡。
万历二十三年(1595)春正月癸卯日，朝廷派遣都督佥事李宗城、指挥杨方亨封平秀吉为日本国王。三月二十三日，赐朱之蕃等人为进士及第以及其他不同出身。
夏五月二十六日，京师地震，朱翊钧命令群臣修身反省。
秋九月初九，青海部长永邵卜进犯甘肃，参将达云将其击败。十六日，下诏恢复建文年号。
冬十一月初三，湖广遭灾，分别予以减免赋税和赈济。十二月初三，大学士赵志皋等人请求批发留在宫禁中的奏章，未得答复。这一年，江北发生水灾，淮河水漫河堤，淹没泗州祖陵。
万历二十四年(1596)春二月十一日，麻贵将河套部击败。三月初八，乾清、坤宁二宫遭火灾，朱翊钧命群臣修身反省。二十五日，下诏自责。当月，火落赤进犯洮河，总兵官刘纟廷将其大败而逃。
夏四月初三，李宗城从倭营跑回王京。五月初二，河套部之敌军进犯甘肃，总兵官杨..将其击败。初四，再次商议封倭事宜，命都督佥事杨方亨、游击沈惟敬前往。六月，赈济福建饥荒。
秋七月初二，吏部尚书孙丕扬请求批发推举补缺官员的奏章，未予答复。十三日，仁圣皇太后驾崩。二十日，开始派遣中官在畿内开矿。不久，河南、山东、山西、浙江、陕西之矿皆获准开采，以中官统领。群臣屡次进谏，皆未听取。闰八月初一，日食。初三，大学士赵志皋奏请朱翊钧临朝执政，批发章奏，结束开矿，未予答复。九月初二，杨方亨到达日本，平秀吉拒受封号，再次侵犯朝鲜。二十二日，安葬孝安庄皇后。此月，河套部又侵犯宁夏。总兵官李如柏将其击败。当年秋天，黄河在黄土固口决堤。
冬十月十三日，中止行刑。二十二日，开始命中官专管通州专卖税收。此后，各省皆设税使。群臣屡谏不听。十二月十三日，陈于陛死去。
万历二十五年(1597)春正月二十六日，朝鲜使者请求救援。二月初五，再次商议讨伐倭寇。十五日，原都督同知麻贵担任防倭总兵官，统率南北各路兵马。三月十五日，山东右参政杨镐担任佥都御史，经略朝鲜军务。三十日，兵部侍郎邢..担任尚书，总督蓟、辽、保定军务，经略防倭事宜。
夏六月十九日，皇极、中极、建极三殿发生火灾。二十四日，终止编修国史。
秋七月初四，诫谕群臣。初八，诏令大赦天下。当月，杨应龙反叛，攻占合江、綦江。八月十九日，倭寇攻破朝鲜闲山，于是逼近南原，副总兵杨元弃城逃走，倭兵逼近王京。二十六日，京师地震。九月初四，逮捕原兵部尚书石星，将其投进监狱，判为死罪。
冬十月十七日，安南黎惟潭篡位自立，并前来请罪，诏令授予其安南都统使。
万历二十六年(1598)春正月，官军攻击蔚山倭寇，未克，杨镐、麻贵逃奔王京。三月十八日，赐赵秉忠等人以进士及第以及其他不同的出身。二十七日，群臣前往文华门疏请皇长子成年完婚，未得允许。
夏四月十三日，辽东总兵官李如松出塞，遇伏战死。十八日，京师大旱，朱翊钧令群臣修身反省。六月初四，杨镐被免职。初五，中官李敬在广东开采珍珠。十三日，张位被免职。二十三日，巡抚天津的佥都御史万世德经略朝鲜。
秋七月初三，中官鲁保专卖两淮的余盐。八月二十四日，京师地震。九月初十，免除浙江遭灾地区的田租。
冬十月初三，总兵官刘纟廷、麻贵分兵攻击倭寇，将其击败。董一元攻击新寨倭寇，战败。十一月十七日，倭兵放弃蔚山逃遁，官军分兵追击。十二月，总兵官陈瞞在乙山打败倭寇，于是朝鲜被平定。这一年，有乌斯藏前来朝贡。
万历二十七年(1599)春二月初二，分别派中官统领浙江、福建、广东市舶司。当月，贵州巡抚江东之派兵讨伐杨应龙。战败。三月二十日，原兵部侍郎李化龙总督川、湖、贵州军务，讨伐杨应龙。
夏四月二十五日，朱翊钧驾临午门，接受倭寇俘虏。当月，临清百姓叛乱，焚烧税使马堂官署，杀其随从三十四人。闰月初八，诏示天下倭寇被平定，免除加派的东征赋税。十二日，因久旱不雨而令群臣修身反省。十九日，因各位皇子结婚而令从太仓取银二千四百万两。户部匮乏，令从严核实各地积蓄储备。六月二十三日，杨应龙攻陷綦江，参将房嘉宠、游击张良贤战死。
秋八月十八日，陕西狄道县发生山崩。九月，土蛮进犯锦州。
冬十月初六，赈济京城饥民。初十，由于播州用兵，加派四川、湖广地区的田赋。十二日，贵州宣慰使安疆臣犯罪，诏令他讨伐贼寇以赎罪。十一月初四，免除河南受灾地区的田租。二十八日，赈济畿辅及凤阳等地饥荒。十二月初二，武昌、汉阳百姓叛乱，打伤税使陈奉。十三日，赈济京师流民。这一年，琉球前来朝贡。
万历二十八年(1600)春二月初四，京师地震。十二日，李化龙率师分八路进军讨伐播州。
夏六月初六，攻克海龙囤，杨应龙自缢而死，播州平定。
秋七月初十，天大旱，朱翊钧又令群臣修身反省。八月初一，建成慈庆宫。初六，撤除朝鲜守兵。九月十四日，中止行刑。同年秋天，炒花进犯辽东，副总兵解生等人战败死去。
冬十月初一，贵州皮林苗叛乱，总兵官陈瞞率兵讨伐。初六，云南税监杨荣开采阿瓦、孟密宝井。十二月二十六日，朱翊钧驾临午门，察看播州战俘。
这一年，两畿各省灾伤频繁，民饥盗起，内外群臣上奏请求将矿税监官免职，朱翊钧全不采纳。大西洋人利玛窦进献地方特产。
万历二十九年(1601)春正月十三日，诏告天下：由于平定了播州，免除四川、贵州、湖广、云南加派的田租赋税，同时免除官民牵连之罪。当月，皮林苗贼被平定。二月初五，赈济大同、宣府饥荒。三月十七日，赐封张以诚等人以进士及第和其他不同的出身。当月，武昌发生民变，杀掉税监陈奉随从六人，焚毁巡抚公署。
夏四月十八日，召回陈奉，派守备承天的中官杜茂替代。五月，苏州民变，杀掉织造中官孙隆随从数人。六月，京师已一年未降雨，直到当月初九才开始下雨。山东、山西、河南普遍大旱。二十二日，法官奏请热审，朱翊钧未予答复。这年夏天，赈济畿内饥荒。
秋九月初八，黄河在开封、归德决堤。十三日，赵志皋死去。十九日，赈济贵州饥荒。二十四日，原礼部尚书沈鲤、朱赓同时兼任东阁大学士，参与机要事务。
冬十月十五日，册立皇长子朱常洛为皇太子，册封其他各位皇子常洵为福王、常浩为瑞王、常润为惠王、常瀛为桂王。并下诏大赦天下。二十八日，加上慈圣皇太后尊号。十二月初八，诏令恢复朵颜马市。
万历三十年(1602)春正月二十六日，以四方灾害频繁为由令群臣修身反省。二月十六日，朱翊钧身体不适，召大学士沈一贯至启祥宫，诏谕免除矿税，停止织造，释放囚犯，恢复进谏的各位大臣职务。次日，病愈，搁置前诏。二十一日，重建乾清、坤宁二宫。闰月初三，恢复河套各部贡市。十五日，河州黄河干涸。三月二十二日，腾越民变，杀掉税监所委派的官员。
夏四月初十，赈济顺天、永平饥荒。五月十四日，法官奏请热审，未允许。
秋七月二十二日，边饷匮乏，命从严从快催交拖欠赋税。当月，缅贼攻陷蛮莫宣抚司，宣抚司思正跑回腾越，贼兵追至，官吏杀掉思正进献贼兵，才得解围。
冬十月初十，赈济江北灾害。二十八日，中止行刑。这一年有琉球、哈密前来朝贡。
万历三十一年(1603)春三月初二，吏部奏告天下郡守阙员，没作答复。当月，播州余贼吴洪等人作乱，有关官吏讨伐并予以平定。
夏四月初一，日食。五月初一，阁臣奏请热审，未予回复。二十三日，京师地震。凤阳天降大雨和冰雹，砸毁皇陵殿脊梁。当年夏天，黄河在苏家庄决堤，淹没江北丰、沛、鱼台、单县。
秋九月十一日，江北发生盗贼。
冬十月初二，中止行刑。十四日，睢州贼杨思敬作乱，被有司讨伐擒获。十一月十二日，得到一本妖书，传说皇帝要改立太子，诏令到处严加搜索。十二月初五，朱翊钧召见皇太子于启祥宫，赐给皇太子手令给予安慰。
万历三十二年(1604)春二月二十一日，阁臣奏请补充司、道、郡、守及派遣巡视各地的御史，未予答复。三月十四日，建成乾清宫。十五日，赐封杨守勤等人以进士及第和其他不同的出身。
夏四月初一，日食。当月，完成疏通氵加河的工程。五月二十三日，雷火焚烧了长陵明楼。六月初七，以长陵发生灾害为由，命补阙官抚恤带刑在狱囚犯。二十日，昌平发生水灾，毁坏长、泰、康、昭四陵石梁。
秋七月初一，京师大雨，毁坏一些城墙。十二日，赈济遭受水灾之居民。八月二十三日，群臣跪伏文华门，上疏请求提倡修举实政，降旨督促。二十八日，完成黄河分水工程。九月初一，赈济畿南六府饥荒。闰月二十四日，武昌宗人蕴轸等人作乱，杀掉巡抚都御史赵可怀。
冬十月初八，开始对平定播州的官兵论功。这一年有琉球、乌斯藏前来朝贡。
万历三十三年(1605)春正月，重新修复京师外城。初五，银定、歹成进犯镇番，总兵官达云将其击败。
夏四月初七，蕴轸等被杀。五月二十四日，凤阳遭受大风大雨，毁坏陵殿神座。二十八日，雷击圜丘望灯高杆。六月初二，以雷击为由令群臣修身反省。
秋八月二十八日，中止行刑。九月二十四日，昭和殿发生火灾。二十六日，京师地震。
冬十一月十一日，免除淮阳遭灾地区的田租。十二月初二，诏令天下各地停止开矿。又将税务事宜交还有司，将每年收入的一半交至内府，另一半交至户、工二部。初六，免去河南遭灾地区的田租。十五日，以皇长孙出生为由而诏令大赦天下。开宗室科举入仕之先例。停止开采广东珠池和云南宝井。
万历三十四年(1606)春二月十一日，加上皇太后徽号。十二日，大学士沈鲤、朱赓奏请皇帝补齐六部主要官员，未得到答复。三月十一日，云南百姓杀死税监杨荣，焚烧其尸体。三十日，真定、顺德、广平、大名等地遭灾，朝廷分别给予减免赋税和赈济。
夏四月二十五日，完成朱旺口黄河疏通工程。五月初六，河套部进犯延绥，官军将其击溃。六月初六，缅甸攻陷木邦。同月，畿内蝗灾大起。
秋七月十六日，沈一贯、沈鲤辞官。九月二十九日，朱翊钧要陕西边防严加防患。
冬十月初一，中止行刑。十一月初四，朵颜来犯，总兵官姜显谟领兵将敌击退。十二月十八日，南京妖贼刘天绪谋反，事情败露伏诛。这一年，有安南、琉球前来朝贡。蒙古喀尔喀各部归顺大清。
万历三十五年(1607)春正月初七，给事中翁宪祥进言：抚、按官员解任后应该随时候命，不应听其自流。未得到批复。二月初五，安南贼人武德成进犯云南，总兵官沐睿又将敌击退。三月十八日，赐封黄士俊等人为进士及第以及其他不同的出身。
夏四月初六，银定、歹成进犯凉州，副总兵柴国柱将其击退。二十日，顺义王扌奢力克死去。五月二十七日，原礼部尚书于慎行及礼部侍郎李廷机、南京吏部侍郎叶向高一同担任礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。六月，湖广及徽、宁、太平、严州发生水灾。闰月二十日，恢复河套各部的贡市。
秋七月初十，京师连年阴雨。刑部奏请皇帝批发关于热审的奏章，未予答复。八月初六，赈济畿内饥荒。九月初四，中止行刑。
冬十月十四日，山东大旱，饥荒严重，朝廷分别给予赈济。十一月二十五日，于慎行死去。十二月，金沙江蛮阿克反叛，攻陷武定，围攻云南，攻占嵩明、禄丰。安南贼兵进犯钦州。这一年，琉球前来朝贡。
万历三十六年(1608)春正月，河南、江北发生饥荒。二月十一日，京师地震。
夏六月二十五日，南畿发生大水。
秋七月十三日，京师地震。郴州矿贼大起。八月初九，惩治云南失事有罪之臣，巡抚都御史陈用宾、总兵官沐睿又被逮捕入狱，论为死罪。二十七日，赈南畿和嘉兴、湖州饥荒。九月初十，四川巡抚都御史乔璧星在东川擒获阿克，贼寇被平定。
冬十一月三十日，朱赓死去。十二月初五，再次赈济南畿，免除其税粮。这一年，有琉球前来朝贡。
万历三十七年(1609)春三月初十，拱兔攻陷大胜堡，游击于守志在小凌河被战败。二十九日，大学士叶向高奏请皇帝公布群臣互相攻击的奏文，以论断是非、整肃人心，未予答复。
夏四月，倭贼侵犯温州。
秋九月二十五日，左都御史詹沂封印私自离去。二十九日，中止行刑。当年秋季，福建、浙江、江西发生大水灾。湖广、四川、河南、陕西、山西大旱，畿内、山东、徐州大闹蝗灾。
冬十二月二十二日，朝廷将畿内、山东诸省所收税收的三分之一用作赈济饥民费用。这一年，日本侵入琉球，抓住其国王尚宁。哈密入朝进贡。
万历三十八年(1610)春三月十七日，赐封韩敬等人为进士及第以及其他不同的出身。
夏四月初二，正阳门楼遭火灾。十六日，以旱灾异常为由，要群臣完成自己份内职责，不准互相攻击。二十六日，赈济畿内、山东、山西、河南、陕西、福建、四川饥民。五月，河南贼人陈自管等人作乱，被官吏擒获。
冬十月辛丑日，中止行刑。十一月初一，有日食。二十七日，以缺乏军饷为由，要廷臣陈述充仓足库之策，而且不得从宫内拨出金帛。这一年，乌斯藏入朝进贡。
万历三十九年(1611)春二月庚子日，河套部敌军进犯甘州的红崖、青湖，被官军击退。
夏四月，京师大旱。十九日，怡神殿发生火灾。二十七日，设置边镇常平仓。五月初三，御史徐兆魁上奏皇帝，指责东林讲学诸人暗中支持制定不同的礼典、制度，致使诸臣互相攻击。广西、广东发生大水灾。六月，从徐州到北京普遍发生大水灾。当年夏天，停止热审。
冬十月初一，户部尚书赵世卿上书离去。十八日，中止行刑。内阁大臣请求释放轻罪犯人，未予答复。这一年，暹罗前来朝贡。
万历四十年(1612)春二月十九日，吏部尚书孙丕扬上书自去官职回乡。三月十二日，赈济京师流民。
夏四月初二，南京各道御史进言：“官衙空缺，各方面事务废堕，皇上深居宫中二十余年，未接见过大臣，天下将有失去的危险。”仍然未予答复。五月初一，日食。
秋八月，黄河在徐州决口。九月十九日，李廷机自动离职。
冬十月二十四日，中止行刑。这一年，琉球中山王尚宁派人奏请归附。
万历四十一年(1613)春正月初二，诏谕朝鲜练兵以防止倭寇。三月十五日，赐封周延儒等人为进士及第以及其他不同出身。
夏五月十二日，朱翊钧诏谕吏部都察院“：几年来议论纷纷，混淆视听，朝廷宽容不予追查，致使攻击诬陷愈来愈甚，朝廷大臣犹疑畏惧，都想辞官回乡，严重损害了国体。自今以后，仍有结党乱政者，定罪绝不饶恕。”六月初八，卜失兔世袭顺义王封号。
秋七月初八，兵部尚书掌管都察院事务的孙玮辞职回乡。九月十七日，吏部左侍郎方从哲、原吏部左侍郎吴道南和礼部尚书兼任东阁大学士，参与机要事务。二十五日，吏部尚书赵焕自动离职。当年，两畿、山东、江西、河南、广西、湖广、辽东发生水灾。乌斯藏前来朝贡。
万历四十二年(1614)春正月十二日，总兵官刘纟廷率兵讨伐建昌叛蛮，将其平定。二月初九，慈圣皇太后驾崩。二十七日，赈济畿内饥荒。三月二十四日，福王来到都城。
夏四月初四，以皇太后遗命为由大赦天下。六月十三日，安葬孝定皇后。
秋八月十四日，礼部右侍郎孙慎行上疏自动去职。二十三日，叶向高辞官。这一年有安南、土鲁番前来朝贡。
万历四十三年(1615)春正月十八日，完成了徐州黄河决口的筑堤工程。三月初一，有日食。
夏五月初四，蓟州一男子张差手持木棒闯入慈庆宫，打伤守门的侍卫，被抓进监狱。十二日，刑部提牢主事王之肕弄清其情况，这就是后来所说的木廷击案。二十五日，对皇城门禁严加戒备。二十九日，在慈庆宫召见廷臣。御史刘光复被抓进监狱。三十日，张差伏诛。六月初三，由于久旱不雨，朱翊钧命群臣修身反省。
秋七月初四，赈济畿内饥荒。二十九日，中止行刑。闰八月初六，重建三殿。十三日，山东大旱，朱翊钧下诏将税银留下进行赈济。二十三日，河套诸部进犯延绥，官军战败，副将孙弘谟被抓获。
冬十月十八日，京师地震。十一月初六，赈济京师饥民。
万历四十四年(1616)春三月初一，有日食。十五日，赐封钱士升等人进士及第以及其他不同出身。当年春天，畿内、山东、河南、淮、徐发生大饥荒，朝廷分别给以赈济和减免田赋。
夏四月十九日，河南出现盗贼，朝廷命官吏进行安抚和围剿。六月初三，河套各部落进犯延绥，总兵官杜文焕将其击退。二十九日，黄河在祥符朱家口决堤，淹没陈、杞、睢、柘各州县。
秋七月二十八日，河套部落首领吉能率兵进犯高家堡，参将王国兴战败。当月，陕西大旱，江西、广东发生水灾，河南、淮、扬、常、镇大闹蝗灾，山东盗贼大起。
冬十月初十，中止行刑。十一月初二，隆德殿发生火灾。
万历四十五年(1617)春二月二十三日，由于前一年冬季无雪，入春以后又没有下雨，朱翊钧要群臣修身反省。三月初六，镇抚司缺乏官吏，狱中很多囚犯因关押太久而死亡，大学士方从哲据此上奏，未得到答复。初十，赈济江西饥荒。
夏五月十三日，久旱不雨，朱翊钧又命群臣修身反省。六月初三，畿南大闹饥荒，当地官吏请求赈济，未得到及时答复。当月，阁臣法官奏请热审，未得答复。
秋七月初一，日食。初五，吴道南因丁服父母丧事离职。这一年，两畿、河南、山东、山西、陕西、江西、湖广、福建、广东遭灾。暹罗、乌斯藏曾来朝进贡。
万历四十六年(1618)春二月十五日，赈济广东饥荒。
夏四月十五日，大清军队攻克抚顺，千总王命印战死。二十日，总兵官张承胤领兵救援抚顺，也全军覆没。闰月初二，杨镐担任兵部左侍郎兼右佥都御史，经略辽东。六月二十六日，京师地震。这年夏天，官吏奏请热审，未得到答复。
秋七月二十日，大清军队攻占清河堡，守将邹储贤、张旆战死。八月十六日，朝廷将军饷海运到辽东。二十四日，乃蛮等七部落请求与朝廷相通。二十五日中止行刑。九月初七，守辽军队缺乏粮饷，有关官员奏请拨用各省税银，未得到及时答复。二十六日，加派天下田赋。三十日，京师发生地震。
冬十一月初九，因灾异频繁而令群臣修身反省。十二月初二，河套部落首领猛克什力前来投降。这一年有土鲁番、天方、撒马儿罕、鲁迷、哈密、乌斯藏前来朝贡。
万历四十七年(1619)春二月十一日，经略杨镐在辽阳誓师，总兵官李如柏、杜松、刘纟廷、马林分道出塞。三月初一，杜松在吉林崖遭遇大清军队，战死。初二，马林在飞芬山战败，兵备佥事潘宗颜战死。初七，刘纟廷率军深入阿布达里冈，战死。十八日，赐庄际昌等人为进士及第以及其他不同出身。
夏四月二十日，盔甲厂发生火灾。六月十六日，大清军队攻克开原，马林全军覆没。二十二日，大理寺丞熊廷弼担任兵部右侍郎兼右佥都御史，经略辽东。二十三日，朝廷大臣聚于文华门，奏请皇帝批复奏章以及增派援军和分发粮饷，未得到答复。
秋八月初五，山东蝗灾。十三日，逮捕杨镐。九月初一，中止行刑。初九，百官跪伏于宫殿阶下，奏请朱翊钧上朝处理政事，未得到答复。
冬十月初八，赈济京师饥民。十二月，又加派全国田租赋税。二十二日，镇江、宽奠、云爰阳新募援兵被击溃。这一年有暹罗前来朝贡。
万历四十八年(1620)春正月二十一日，朝鲜请求救援。三月十二日，再次加派全国田租赋税。
夏四月初六，皇后王氏死去。十一日，朱翊钧病发，在弘德殿召见方从哲。
秋七月十七日，朱翊钧病情加重，在弘德殿召见英国公张惟贤，大学士方从哲，尚书周嘉谟、李汝华、黄嘉善、张问达、黄克缵，侍郎孙如游，勉励各位大臣勤政敬职。二十一日，死去，时年五十八岁。遗诏停止一切榷税和新增织造等。九月初十，追加尊敬谥号，庙号神宗，安葬于定陵。
光宗崇天契道英睿恭纯宪文景武渊仁懿孝贞皇帝，叫朱常洛，是神宗皇帝的长子。其母恭妃王氏。万历十年(1582)八月出生。神宗皇帝亲到大殿接受朝贺，并到郊庙祭奠社稷，还诏告天下，封两宫徽号。不久，郑贵妃生下儿子常洵，得宠于神宗皇帝。很久也未册立太子，朝廷大臣纷纷上奏请求，均不予理睬。万历二十九年(1601)十月，才立常洛为皇太子。
万历三十一年(1603)，外面谣传，说神宗想改立太子，并指责郑贵妃。神宗大怒，被逮捕和株连者甚多，最后抓得一个名叫白敫生光的人，将其分尸，才算结束。万历四十一年(1613)六月，奸人王曰乾告朝廷：孔学蛊惑人心，不利于东宫。话中还涉及郑贵妃、福王，事情详见《叶向高传》。万历四十三年(1615)夏五月初四，蓟州一男子张差，手持木棒闯入慈庆宫，此事又牵连着贵妃宫监。太子请求交下属吏处置。先杀张差于市，又在宫禁中将二名宫监处死。由此便出现了“木廷击案”。
万历四十八年(1620)七月，明神宗死，二十二日，皇太子遵从遗诏发放币金百万犒劳边关将士，全部停止征收所有矿税，起用因建议时政而定罪的诸臣。二十四日，再次发放币金百万充当边境赏赐。八月初一日，朱常洛即皇帝位。于天下大加赦免，以第二年为泰昌元年。减免直隶省受灾后田租赋税。四日，吏部侍郎史继偕、南京礼部侍郎沈..为礼部尚书兼东阁大学士，参与机要事务。辽东大旱。十五日，兰州黄河水清澈三天。十九日，礼部侍郎何宗彦、刘一火景、韩火广为礼部尚书兼东阁大学士，参与军国大事。召见叶向高。派使臣抚恤刑狱。二十一日，光宗身体不舒服。二十三日在乾清宫召对英国公张怀贤、大学士方从哲等十三人，命令皇长子出来接见。二十九日，病危，再次召见方从哲等接受遗命。当天，鸿胪寺官李可灼进献红丸。
九月初一日，光宗死于乾清宫，在位一个月，终年三十九岁。熹宗即位后，采纳廷臣建议改万历四十八年八月以后为泰昌元年。十月，上尊谥，庙号光宗，葬于庆陵。
评论：神宗幼年即位，有江陵张居正辅政，总理政事使得名副其实，国势由此几乎达到富强。后来因循古制，饮酒作乐，深居宫中，使朝政废弛，君臣隔离。于是，小人好权趋利，争相追逐，视名节之士为仇人，门户派别纷纷兴起。善良到胐、愍的地步，邪党趁此蔓延滋长。在廷正直之臣也无有深谋远虑以扼制其关键要害，但又不胜激愤，因而互相攻击，以至于君主怀疑，奸贤一起任用，导致国家溃败分裂，到了不可拯救的地步。故谈论此事者，谓明朝之亡实亡于神宗，不是没有道理的。光宗德行潜在张扬，海内一致盼望，然而登位一月，天不作美，措施还未施展，木廷击等三案互相牵连纠缠，党祸益炽，真是可悲啊！
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